核能的安全性和环境风险一直是人们争议的焦点，自1986年世界上最严重的核事故在苏联切尔诺贝利核电站发生后，关于核废料处理的抗议声就在国际上不绝于耳。在甘肃金城建立核废料处理基地也意味着，今后运往甘肃的核废料，不仅来自国内的核电站，还很有可能来自周边国家。而国内专家对此表示中国核废料在处理技术成熟度和安全性方面尚需论证。

核废料仍具有辐射危害，仅10毫克钚就能令人毙命

乏燃料并不等于核废料，其中含有许多有用的物质，如没有“烧净”的铀235，以及新生的俘获产物和裂变产物等。在俘获产物中，有钚的各种同位素；在裂变产物中，还有一些可利用的同位素，此外还有大量的铀238（是最常见的一种铀元素但不是实用的核燃料）等。核废料主要分为高放射性、中放射性、低放射性三类。高放射性核废料含有多种对人体危害极大的高放射性元素，甚至仅仅10毫克钚就能令人毙命。在国家原子能机构官方网站对乏燃料后处理的介绍中可以看到，“乏燃料后处理具有放射性强，毒性大，有发生临界事故的危险等特点，因而必须采取严格的安全防护措施。”

核废料处理涉及军事安全，其中的钚可制造核弹

 核废料再处理也涉及到军事方面的安全。美国政府曾在30年前就决定要对核废料进行后处理，认为大约95.6%的来自于核反应堆废料在原燃料中是相同的铀氧化物。剩下的废料由热核裂变产物和长期的锕元素例如钚。但在1976年时任总统格纳德福禁止这一可循环的做法，并且他的继任者对此也是支持态度，他们认为这会带来潜在的危险，因为钚也可以用于制造炸弹。

世界各国核废料再处理事故频发，法国一个月内发生四次事故

全球各国的核燃料公司常有核废料再处理工厂事故发生，2005年5月英国索普 核废料再处理工厂曾发生过输送液体泄露事故，其中泄露的核燃料几乎可装满半个标准泳池，仅钚的含量就达200公斤，用它们至少可以造出20枚核武器；2010年7月，全世界核废料再处理最成熟的国家法国，也出现过核废料处理厂在一个月内连续发生四次核泄漏事故。2010年8月2日，日本青森县一家核废料再处理工厂发生微量的高水平放射性非也泄露。该核废料再处理厂此前曾多次出现故障，原定于2000年投入使用却因为事故频发被推迟到2006年。《科学美国人》杂志曾刊文披露美国的核废料处理问题，给出的结论是“短期内什么也不做，也许是最明智的解决方法”。