两份指导意见明确了公益诉讼保护“一水两山”的指导思想、监督范围和监督重点。
保护指导意见提出，要以植被保护、水资源保护、生物多样性保护等8类28种违法行为作为监督重点，尤其是在秦岭生态环境保护范围内乱搭乱建、乱砍滥伐、乱采乱挖、乱排乱放、乱捕乱猎等破坏生态环境和自然资源的行为，以及行政机关违法行使职权或者不作为致使秦岭生态环境和自然资源受到侵害的行为。
治理指导意见提出，要以水资源保护、河道行洪安全保护等4类25种违法行为作为监督重点，重点监督公民、法人破坏黄河、长江流域（陕西段）水域生态环境和自然资源的行为，以及行政机关违法行使职权或者不作为致使黄河、长江流域（陕西段）水域生态环境和自然资源受到侵害的行为。